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对水进行杀菌消毒，通常是化学变化，这是因为杀菌消毒过程中，消毒剂中的化学成分会与水中的细菌或病毒发生反应，破坏其生物结构，使其失去活性，从而达到杀菌消毒的目的。
至于水消毒与杀菌的区别，主要体现在处理的对象和方式上，消毒是指杀死物体上或环境中的病原微生物，并不一定能够杀死细菌或病毒的所有种类，而杀菌则是指把物体上所有的菌类全部杀死，包括细菌芽孢等，通常用于食品加工等需要极高洁净度的环境。
无论是水消毒还是杀菌，都是为了保证水的安全性，但在实际应用中存在一定的差异，而对水进行杀菌消毒时发生的反应，通常是化学变化。